@PHDTHESIS{ 2018:198423940,
 	title = {Gen?mica funcional da bact?ria Nitrospirillum amazonense em intera??o com o fluido do apoplasto de cana-de-a??car: abordagens transcript?mica e prote?mica},
 	year = {2018},
 	url = "https://tede.ufrrj.br/jspui/handle/jspui/4816",
 	abstract = "Nitrospirillum amazonense ? uma bact?ria fixadora de nitrog?nio isolada de v?rias plantas, como arroz, milho, sorgo e cana-de-a??car. A estirpe CBAmC de N. amazonense foi isolada de colmos de cana-de-a??car variedade CB45-3 e tem sido relatado que esta bact?ria promove o o	crescimento da variedade de cana RB867515, quando inoculada em condi??es de campo em cons?rcio com outras quatro bact?rias fixadoras de nitrog?nio. O apoplasto de cana-de-a??car representa um prov?vel nicho para o estabelecimento de v?rias bact?rias, entre elas a N. amazonense. O presente trabalho teve por objetivo acessar a influ?ncia do fluido apopl?stico da cana-de-a??car sobre os perfis transcript?mico e prote?mico globais. A bact?ria foi cultivada em meio de cultura padr?o LGI na presen?a ou aus?ncia do fluido do apoplasto. Foram coletadas amostras na metade da fase exponencial de crescimento para extra??o de RNA e de prote?nas. O RNA total foi extra?do com tratamento de trizol em temperatura de 65?C e utilizado m?todo de sequenciamento de alto rendimento (RNA-Seq). O extrato proteico foi obtido por sonica??o e utilizado espectrometria de massa em tandem por cromatografia l?quida (LC-MS/MS). A an?lise comparativa entre os perfis transcript?mico e prote?mico mostrou forte consist?ncia entre os resultados das duas abordagens. A an?lise de dados revelou que os n?veis de express?o dos transcritos relacionados com quimiotaxia, bioss?ntese de flagelos bacterianos e transportadores TonB foram fortemente subexpressos na presen?a do fluido do apoplasto. Em contraste, no metabolismo de gera??o de energia, os n?veis de express?o dos genes envolvidos no ciclo do Krebs foram superexpressos. Al?m disso, genes envolvidos com resposta a estresse osm?tico e oxidativo e com transportadores efluxos multidrogas RND foram fortemente superexpressos, conforme detectado no transcriptoma e proteoma em presen?a do fluido. Em conclus?o, os resultados mostraram que o estado metab?lico de N. amazonense durante o cultivo do apoplasto ? direcionado para prote?nas capazes de suportar a adapta??o em um novo ambiente complexo como o apoplasto da cana-de-a??car. A investiga??o de an?lise comparativa entre o transcript?mica e proteoma na intera??o com o fluido de apoplasto ampliar? uma melhor compreens?o da intera??o entre a planta e a bact?ria orientando futuros estudos com a estirpe CBAmC bem como o potencial desenvolvimento de um inoculante para a cana-de-a??car.",
 	publisher = {Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro},
 	scholl = {Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia, Tecnologia e Inova??o em Agropecu?ria},
 	note = {Pr?-Reitoria de Pesquisa e P?s-Gradua??o}
}